特效生物功能蛋白研究传统的方法有酶联免疫、Western印迹等方法。但由于其有一定的局限性，包括多克隆和单克隆抗体制备复杂，灵敏度不高，不适合检测细胞内动态平衡的低亲和瞬间的相互作用，只能检测可溶的组分，对于巨大的、不溶性的大分子蛋白不适合。
然而，近年来发展起来的基于生物质谱的蛋白高通量测序技术其具有高通量、高精度、高灵敏特点，能为亚微克级试样提供信息，适用于复杂体系中痕量物质的鉴定或结构测定，同时具有准确性、易操作性、快速性及很好的普适性特征。在分析环境特效功能生物（微生物、植物、动物）体内功能蛋白的表达、阐释特效生物环境功能的分子机理的方面的研究具有显著的优势。
特效生物功能蛋白的研究应用：环境监测，特效蛋白作为识别元件用于识别被检测目标，通过信号系统将信号转化和放大，从而得到监测结果，如用丁酰硫代胆碱酯酶监测有机磷农药；污染治理，利用特效蛋白处理难生物降解的和低浓度的污染物，如纤维素酶降解造纸废水和纺织废水；可生物降解材料开发，利用特效蛋白催化合成科生物降解的材料如聚酯类、聚糖类、多肽类和聚酰胺类，来减轻白色污染带来的环境问题。公司已具备以下蛋白分析研究的装备和相应的检测能力：酶联免疫、Western印迹、Oribitrap生物质谱仪高通量测序。
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