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核酸高通量测序

发布日期:2018-07-27 17:41:34
  Hi-seq 和Mi-Seq是Illumina公司推出的新一代的测序仪,采用稳定的可逆终止法边合成边测序技术,能够为传统基因组学研究(测序和注释)以及功能基因组学 (基因表达及调控,基因功能,蛋白/核酸相互作用)研究等提供迅捷、庞大、准确测序服务。具有高准确性,高通量,高灵敏性和低运行成本等突出优势。
    Hi-Seq 2500高通量测序平台,拥有高通量运行和快速运行两种模式,提供多种读长选择,也可使用一个或两个流动槽,使之成为一个灵活且可扩展的平台。高产量模式单次运行可以产出600Gb数据,适合样品量较多,或需要最深度覆盖的应用。快速运行模式最多能在一天之内产生100Gb左右的数据,提供2×150 bp的测序读长,有助于改善de novo应用的组装效果。
  Mi-Seq测序仪是目前唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪,每次运行能产生超过7Gb的数据,测序读长2×250 bp,Mi-Seq有着革命性的流程和无可比拟的准确性,是快速且经济高效的遗传分析的理想平台,应用广泛。
  Illumina测序平台广泛应用于特定的生物基因组或环境宏基因组高通量测序服务,包括:动植物、微生物基因组从头测序、基因组重测序;基因组转录组测序、表达谱测序、小RNA测序;环境样品宏基因组从头测序、微生物多样性检测等。例如:Illumina测序技术完成人类肠道微生物宏基因组测序刊登于Nature;DNA捕获和测序技术鉴定全基因组人类RNA编码位点刊登于Science。
Illumina GA、Roche/454和Sanger对人类肠道微生物检测范围比较和炎症性肠病患者与健康人群肠道内细菌丰度差别
 
      江苏中宜金大分析检测有限公司现有Hi-seq 2500一台,Mi-Seq一台,曙光服务器一台,可提供动植物、微生物基因组测序,基因组转录组、表达谱测序,环境样品宏基因组等测序服务。已开展宏基因组测序在氯化消毒饮用水中微生物抗生素耐药性,制革污水处理厂活性污泥镉和铜抗性基因等方面研究。
过滤水、消毒水和自来水中抗生素抗性基因的类型和相对丰度
 
参考文献:
  [1] Junjie Qin, Ruiqiang Li, Jeroen Raes, et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature, 2010, 464, 59-65.
  [2] Jin Billy Li, Erez Y. Levanon, Jung-Ki Yoon, et al. Genome-Wide Identification of Human RNA Editing Sites by Parallel DNA Capturing and Sequencing. Science, 2009, 324, 1210-1213. 
  [3] Shi Peng, Jia Suyu, Zhang Xuxiang, Zhang Tong, Cheng Shupei, et al. Metagenomic insights into chlorination effects on microbial antibiotic resistance in drinking water. Water Res, 2013, 47, 111-120.
  [4] Jia Suyu, Wang Zhu, Zhang XuXiang, Liu Bo, et al. Metagenomic analysis of cadmium and copper resistance genes in activated sludge of a tannery wastewater treatment plant. Journal of Environmental Biology, 2013, 34, 375-380.
 

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