蛋白质传统的研究方法主要有：基于蛋白质分离方面的双向凝胶电泳，其缺点是对于极酸、极碱性蛋白质、疏水性蛋白质、极大蛋白质、极小蛋白质和低丰度蛋白质不适用，胶内酶解过程费时、费力，难于与质谱实现自动化；用于蛋白质鉴定的技术有氨基酸组成分析，其缺点主要是蛋白质水解条件多样，同时进行则水解不完全和不均匀）；用于蛋白质相互作用以及作用方式研究有酵母双杂交系统，其缺点是其智能检测细胞核内的蛋白质相互作用，由于某些蛋白质具有激活转录功能造成假阳性，融合蛋白质会影响对蛋白质的真是结构和功能的检测，假阴性不利于核外蛋白质的研究；
　　蛋白高通量测序技术主要基于色谱分离技术和生物质谱以及生物信息学方法的与传统的分子生物学方法相比较，其具有高通量、高精度、高灵敏，能为亚微克级试样提供信息，适用于复杂体系中痕量物质的鉴定或结构测定，同时具有准确性、易操作性、快速性及很好的普适性。
　　蛋白高通量测序技术主要的研究应用：蛋白质表达谱，可以得到不同因素对蛋白差异表达的情况（污染物在表达水平对机体的影响）；转录因子，可以得到控制某基因转录的调控机理和调控蛋白（污染物通过影响敏感的蛋白质而对转录水平的影响）；蛋白质相互作用图网，可以得到某环境因子对一种蛋白质的影响后导致其他蛋白的影响（污染物通过影响敏感的蛋白质而引起的相关蛋白质的一系列问题）。

 

液相--多反应监控技术对酵母蛋白组的检测结果
 

 

多肽的基因结构和位点
 
参考文献
　　[1] Picotti P, Bodenmiller B, Mueller L N, et al. Full Dynamic Range Proteome Analysis of S. cerevisiae by Targeted Proteomics[J]. Cell, 2009, 138(4): 795-806.
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